ほとんどのアユに横川吸虫の幼虫（0.14～0.15ｍｍ）が寄生しているそうです。小さいので肉眼で見ても判らないそうです。

セゴシなどの生食をしたり、生焼けを食べたりすると、アユに寄生していた被嚢幼虫（メタセルカリア）が小腸に寄生し、成虫（1～1.5ｍｍ）になります。被嚢幼虫（メタセルカリア）は、体内で1週間で成虫（雌雄同体）になり、小腸粘膜に寄生し 10日で卵を生むようになるといわれています。

横川吸虫　生活史（横川宗雄：横川吸虫症．公衆衛生1984; 48: 828―831.）

横川吸虫は全国で確認されていて、アユの他に白魚、ウグイ、オイカワ、フナ、コイなどに寄生しています。寄生部位はウロコの周辺が多いといわれています。
セルカリア、メタセルカリアが大量に寄生すると衰弱して、異常遊泳したり、衰弱死して岸にうちあげられたりする。

アユは皮が薄いため横川吸虫の幼虫メタセルカリアはウロコや皮だけでなく筋肉まで入り込んでいるそうです。目に入ると眼球が赤く充血する。


京都府立海洋センターによる調査では、第一中間宿主としてカワニナの他に外来二枚貝のカワヒバリガイが、終宿主としては動物だけでなくビワコオオナマズが確認されている。

第二中間宿主は魚のほかにサワガニがいる。

人へ寄生したときの症状
寄生した数が少ない場合には無症状の場合もあるそうですが、
度重なる感染で寄生数が多くなると下痢や腹痛、食欲不振、体重減少等の消化器症状を呈し、横川吸虫症といわれます。

軽症の場合には、薬剤での駆虫を行わなくても1年ほどで陰性になるといわれていますが、駆虫剤（praziquantel）の服用で退治できます。

生食以外の感染
川魚をつかんだ手に幼虫がついて、感染する。
川魚調理に使ったまな板を良く洗わずに野菜などを切ったりするとそれに付着して感染する。

予防
アユや白魚の生食や、生焼けを食べない。
魚をつかんだ手やまな板は良く洗い、まな板は熱湯で消毒する。
病院で寄生虫検査を受けて、陽性ならば駆虫剤を服用する。

アユ養殖場で発生しているその他の寄生虫：
　ギロダクチルス（吸虫類）；鉤のある吸着盤で鰓、体表、鰭に寄生し、粘膜や上皮細胞を食害する。
　トリコディナ（繊毛虫類）；体表のザラつき、白雲症状が見られる。
　グルゲア（微胞子虫）；腹に白い卵のようなシスト（包嚢）ができる。

他にも魚の寄生虫が沢山います。東京都衛生局の食品の寄生虫がまとまっていて分かりやすい。

下は代表的な寄生虫の表ですが、踊り食いは危険なので止めた方が良いです。
ドジョウ、ホタルイカは特に危険で、皮膚の下を幼虫が動き回りミミズバレのようになるそうです。